VMD (Theoretical and Computational Biophysics Group, University of Illinois) - одна из лучших программ для молекулярной визуализации
Основы[]
Исследование Различных Выборов[]
Давайте смотреть на различного независимого политика (и интересный) части нашей молекулы.
- В поле Selected Atoms окна Graphical Representations удаляют слово all, печатают helix (спираль) и нажимают кнопку Apply. VMD покажет только helices (спирали) в нашей молекуле.
- В окне Graphical Representations выбирают закладку Selections. В секции Singlewords Вы найдете список возможных выборов, которые Вы можете напечатать. Например, попытайтесь показать Бета-листы вместо helices, печатая соответствующее слово в Отобранном текстовом входе Атомов. Комбинации булевых операторов могут также использоваться при письме выбора.
- Чтобы видеть молекулу без helices и листов, напечатайте следующее в Selected Atoms: (not helix)and(not betasheet)
- В секции Keyword Вы можете видеть свойства, которые могут использоваться, чтобы выбрать части белка с их возможными ценностями. Cмотрите на возможные ценности Keyword resname (d). Покажите все Лизины и подарки Глицинов в белке, печатая (resname LYS)or(resname GLY). Лизины играют фундаментальную роль в конфигурации polyubiquitin цепей.
- Теперь, изменение Drawing Method текущего представления к стилю CPK и Coloring Method к ResName в закладке Draw Style. В экране Вы будете в состоянии видеть различные Лизины и Глицины. Сколько из каждого Вы можете видеть?
- В поле Selected Atoms введите water. Выберите Coloring Method -> Name. Вы должны видеть эти 58 молекул воды (фактически только oxygens) в нашей системе.
- Чтобы видеть, какие молекулы воды ближе к белку, в пределах которого Вы можете использовать команду within. Напечатайте water and within 3 of protein. Это выбирает все молекулы воды, которые являются в пределах расстояния 3 ангстремов от белка.
Многократные Молекулы[]
Вы будете учиться иметь дело с многократными молекулами одновременно. Вы также покроете основы Tcl scripting при использовании этого, чтобы отредактировать атомные данные, выровнять две молекулы, и покрасить молекулу согласно расчетным свойствам.
См. также[]
- VMD - Создание изображений и кинофильмов
- VMD - Изучение аквопоринов при помощи инструмента MultiSeq
- VMD - файл топологии
- VMD - моделирование мембран