「Wikia.cssは廃止」で「Common.cssは今後も続投」と読めるのですがこの認識で合っていますでしょうか？

Wikia.cssは、oasis専用のcssなので

そのoasisスキンが今夏に廃止されるので

それと一緒に廃止されます。(そのはずです)

そしてCommon.cssはスキンに関係なく適応されます。

なのでその考えで正しいです。

その場合Fandomdesktop.cssはあくまでWikia.cssの代替的存在であり、

@importの記述等は今後もCommon.cssが担う、と考えてよいでしょうか？

そうですね、そういうことです。

ただ読み込まれる順番がcommon,

fandomdesktop(またはwikia)の順である事を

忘れないで下さい。

またCommon.jsとFandomdesktop.jsに関しては統廃合のアナウンスが見当たらないのですがCommon.jsを使い続けて問題ないでしょうか？

ええ、commonは、どのスキンでも通用するものなのでcommonのままで大丈夫です。

詳しい情報はこのページで見ることをお勧めします。

https://community.fandom.com/wiki/Help:CSS_and_JS_pages

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