User:Filiotikanik

Dans un passé lointain, un vaisseau extraterrestre arrive sur Terre. Un être humanoïde y est déposé et s'y sacrifie en absorbant un liquide noir sous l'effet duquel son corps se désagrège, répandant son ADN dans un cours d'eau.

En 2089, l'archéologue Elizabeth Shaw et son compagnon, Charlie Holloway, découvrent, sur l'île de Skye en Écosse, une peinture préhistorique figurant un humanoïde désignant six étoiles, peinture quasi identique à des représentations picturales découvertes chez d'autres civilisations datant d'autres époques. En 2093, une expédition scientifique est organisée par la société Weyland, qui envoie un vaisseau, le Prometheus (Prométhée), et ses dix-sept membres jusqu'à une lune lointaine appelée LV-223 et censée être l'endroit indiqué sur les représentations. Le voyage dure deux ans pendant lesquels l'androïde David surveille le vaisseau alors que l'équipage est en biostase.

À l'approche de la destination, David réveille Meredith Vickers, une représentante de la société Weyland puis les autres membres de l'équipage. Après un discours holographique de Peter Weyland, le fondateur de Weyland Corp, Shaw et Holloway leur expliquent le but du voyage : explorer une planète probablement peuplée d'extraterrestres qu'ils nomment les « Ingénieurs », qui seraient responsables de la création de l'humanité. Malgré le scepticisme de l'équipage, le vaisseau se pose près d'un immense dôme artificiel, et plusieurs membres de l'équipage explorent l'intérieur du bâtiment. Ils y trouvent le corps décapité d'un Ingénieur, mort deux mille ans plus tôt, et une grande salle parsemée d'urnes et ressemblant à un temple. Une statue monumentale y représente une tête d'humanoïde, et des fresques étranges figurent notamment des xénomorphes.

Une tempête qui approche les force à retourner au vaisseau. Shaw et Holloway emportent la tête de l'Ingénieur tandis qu'en cachette David emporte une urne dans un sac. Le géologue Fifield et le botaniste Milburn, perdus dans le temple, sont forcés d'y rester en attendant que la tempête se calme. Sur le vaisseau, Shaw et la scientifique Ford étudient la tête. Elle est composée d'un casque qui recouvre une tête humanoïde de grande taille. Elles découvrent que l'ADN est identique à celui de l'espèce humaine. Pendant ce temps, David ouvre l'urne et y découvre des fioles contenant un liquide noir. Sur l'ordre d'un homme caché dans le vaisseau, David infecte Holloway avec le liquide noir en lui offrant une coupe de champagne. Holloway et Shaw ont des rapports sexuels ; on apprend à cette occasion qu’Elizabeth Shaw est stérile.

Pendant ce temps, au temple, Milburn est attaqué par une créature ressemblant à un serpent. Exerçant une pression considérable, le serpent arrive même à lui casser un bras. Fifield coupe la créature en deux et est aspergé de son sang acide. Il tombe dans le liquide noir qui s'écoule des urnes. La créature s'introduit alors dans la bouche de Milburn et le tue. Une fois la tempête dissipée, l'équipage retourne au temple et y trouve le corps mutilé de Milburn. Parti de son côté, David découvre ce qui semble être le poste de commandement d'un vaisseau spatial contenant une carte stellaire désignant la Terre, ainsi que le corps en biostase d'un Ingénieur encore vivant. Holloway, infecté, est en proie à des crises et des convulsions. L'équipage retourne en hâte au vaisseau. Vickers refuse de faire entrer Holloway, pour éviter toute contagion. Malgré les cris de Shaw, Holloway supplie Vickers de le tuer, ce qu'elle fait avec un lance-flammes. Shaw se réveille ensuite à l'infirmerie, où elle apprend qu'elle est enceinte de trois mois malgré sa stérilité et ses deux années passées en sommeil. David lui apprend qu'il s'agit en fait d'une créature extraterrestre. Il veut la mettre de force en biostase pour ramener la créature en l'état sur Terre et l'étudier. Shaw parvient à s'échapper, elle utilise une machine capable de procéder automatiquement à des opérations chirurgicales et fait extraire de son utérus une créature tentaculaire. En état de choc, Shaw découvre Peter Weyland, confiné dans les quartiers de Vickers (qui s'avère être sa fille). Le vieil homme était resté secrètement en biostase, économisant ainsi le peu de vie qu'il lui reste. Il explique vouloir utiliser la technologie des Ingénieurs pour accéder à l'immortalité. Au même moment, le corps mutant de Fifield se présente devant le vaisseau, attaque l'équipage et tue un certain nombre de ses membres avant d'être abattu au lance-flammes par le capitaine Janek et son copilote. Janek suggère ensuite à Shaw que la planète a été utilisée par des Ingénieurs comme base militaire dans le but de maitriser leur arme biologique : le liquide noir.

Une nouvelle expédition est lancée par Weyland (qui se fait doter de jambes en exosquelette pour l'occasion) pour réveiller le dernier Ingénieur de sa biostase. Aussitôt réveillé, ignorant toute tentative de communication de la part des humains, celui-ci décapite David, tue Weyland ainsi que les autres personnes présentes. Seule Elizabeth Shaw en réchappe et parvient à regagner l'extérieur. Par radio, elle informe Janek et les pilotes Chance et Ravel que le vaisseau extraterrestre compte se rendre sur Terre pour exterminer l'humanité. Alors que Vickers ordonne aux pilotes de rentrer sur Terre, Shaw les convainc de détruire le vaisseau extraterrestre qui s'apprête à quitter la planète. Les pilotes se sacrifient en jetant le Prometheus contre le vaisseau extraterrestre tandis que Janek fait savoir à Meredith Vickers qu'elle peut quitter le vaisseau en s'éjectant pour aller récupérer son module de survie qui a été éjecté auparavant sur la planète. Le vaisseau des Ingénieurs s'écrase alors au sol, tuant Vickers. Shaw est protégée par un rocher mais, à court d'oxygène, elle retourne à l'épave du module de survie de Vickers. Elle y retrouve, coincée dans une salle, la créature qu'elle avait auparavant extraite de son utérus et qui depuis a grandi de façon spectaculaire. L’Ingénieur survivant réapparaît et attaque Shaw, qui ouvre alors une porte libérant la créature, qui se saisit de l'Ingénieur. Shaw s'introduit ensuite dans le vaisseau écrasé pour récupérer les restes de David, toujours en fonctionnement. David lui indique qu'il existe plusieurs vaisseaux sur la planète. Elle lui demande alors de la conduire à un autre vaisseau pour enfin s'échapper et rejoindre la planète où vivent les Ingénieurs. Shaw veut comprendre pourquoi ils souhaitent détruire l'humanité alors qu'ils l'ont eux-mêmes créée.

Au dernier plan, le corps inanimé de l'Ingénieur dans l'épave du module de survie de Vickers se met à convulser, puis un xénomorphe s'extirpe de son thorax, sous une forme primitive qui évoque le début de l'évolution de cette espèce.

Durant la préparation de la mission Prometheus, Peter Weyland ordonne à un androïde de prendre part à la mission. Weyland se présente comme le « créateur » de l'être synthétique et lui explique que cette mission a pour but de connaître les créateurs des humains. Weyland demande ensuite à l’androïde de s’attribuer lui-même un prénom. Après avoir contemplé dans la pièce où il se trouve avec Weyland, l'androïde se tient devant la célébrissime statue de Michel-Ange, il choisit alors « David ».

Des années plus tard, en 2104, l'USCSS Covenant est un vaisseau spatial de la société Weyland-Yutani. À son bord, un équipage d'une quinzaine de membres (dont un androïde bâti sur le même modèle que David, Walter) qui transporte plus de 2 000 colons en hibernation et 1 140 embryons humains. Le vaisseau vole vers Origae-6, une planète habitable, afin d'y implanter une colonie. Après une éruption stellaire voisine, une importante avarie tue plusieurs personnes, dont le capitaine Jacob Branson. En réparant leur vaisseau, l'équipage reçoit un message mystérieux provenant d'une planète inconnue. Cette planète, plus proche que la destination initiale du Covenant, présente aussi des conditions plus propices à l'installation d'une colonie. Contre l'avis de Daniels, premier officier et veuve de Branson, Oram, le capitaine suppléant, décide de changer le plan de route du Covenant et d'aller enquêter sur cette nouvelle planète.

Arrivés sur place, une équipe composée d'une dizaine de personnes est envoyée en reconnaissance sur la planète tandis que le vaisseau reste en orbite avec les trois derniers membres d'équipage. Ils finissent par localiser la source du message : l'épave d'un vaisseau d'origine inconnue, dernier vestige de l'expédition Prometheus venue dix ans auparavant,, et découvrent que la voix du message était celle du docteur Shaw. Dans le même temps, à l'insu de tous, deux membres de l'équipage sont infectés par une spore extraterrestre et commencent à être pris de convulsions. L'un d'eux, Ledward, est ramené d'urgence à la navette pour être examiné, mais meurt rapidement lorsqu'une créature cauchemardesque s'extirpe de sa moelle épinière. Très agressive, celle-ci s'en prend ensuite au docteur Oram, la femme du commandant. En essayant d'abattre la créature, Faris, la pilote, tire par accident sur les réservoirs de carburant de la navette qui s'enflamment aussitôt. Les deux femmes périssent dans l'explosion tandis que la créature arrive de justesse à s'enfuir et qu'une autre créature s'extirpe du corps du second membre infecté de l'équipage. Peu après, les deux créatures, les Néomorphes, attaquent le groupe et un autre membre est tué, Walter y laissant sa main gauche en voulant protéger Daniels. Ils sont sauvés par un homme encapuchonné qui se révèle être l'androïde David, unique survivant du Prometheus.

David les conduit jusqu'à une gigantesque nécropole où il s'est établi. Il leur raconte comment il a survécu seul sur la planète pendant dix ans après que le docteur Elisabeth Shaw, seule autre rescapée du Prometheus, soit morte dans l'accident. Il est révélé également que celle-ci avait reconstruit l'androïde à la suite du désastre de la mission et que celui-ci l'aimait profondément. Un retour en arrière montre alors que David a tué la population de la ville (qui est devenue depuis une nécropole) à l'aide de l'agent pathogène noir trouvé sur LV-223 et exterminé ainsi toute forme de vie animale, en somme de la "viande", à la surface de la planète. Autrefois peuplée d'Ingénieurs et d'animaux, celle-ci n'abrite désormais plus que les créatures hostiles nées de la fusion du pathogène avec l'environnement et responsables de la décimation de l'équipage, alors que les formes de vie végétales ne sont pas affectées par le pathogène. Quand l'équipage essaie désespérément de rétablir le contact avec le Covenant, un de leurs membres, Rosenthal, est tué par un Néomorphe ayant réussi à s'introduire dans la nécropole. La créature est abattue par Oram malgré les protestations de David qui semble avoir une grande influence sur elle. Perplexe, le capitaine demande des explications à l'androïde.

David fait visiter à Oram ce qui ressemble à l'atelier d’expérimentations biologiques des Ingénieurs. Le robot explique qu'il s’était mis à étudier seul les différentes mutations du pathogène tout en développant un certain mépris pour les humains et une fascination pour les créatures extraterrestres. David montre à Oram différentes mutations de créatures, expliquant qu'il a essayé de comprendre celles-ci au point d'en développer génétiquement de nouvelles versions, jusqu'à une expérience qui attendait un dernier élément pour être complète. Oram suit ensuite David dans une salle contenant plusieurs œufs et, sur ses instructions, s'approche de l'un d'entre eux de telle sorte que celui-ci s'ouvre et qu'un facehugger en émerge, s'accrochant au visage d'Oram. Oram se réveille quelques minutes plus tard sous le regard de David et un Xénomorphe émerge de sa cage thoracique.

Alors qu'une navette de secours est en route après avoir capté leur signal, le groupe dans la nécropole est attaqué par les monstres. Le Xénomorphe, qui a grandi très rapidement, tue Cole, un des soldats, tandis que le sergent Lope, chef de la sécurité, est assailli par un facehugger qui s'accroche à son visage et le brûle en l'aspergeant de sang acide. Daniels comprend que Shaw n'est pas morte à la suite de l'accident du vaisseau, comme le prétendait David, mais qu'elle a servi de cobaye à ses sinistres expériences. Elle est attaquée par David mais est sauvée in extremis par Walter, qui désapprouve les méthodes de son modèle. L'androïde laisse ensuite le choix à son semblable : « servir au Paradis, ou régner en Enfer ». Les deux robots se battent. Daniels aide Lope à sortir de la nécropole ; ils sont rejoints au dehors par Tennessee, pilote du Covenant venu à leur secours, ainsi que Walter qui émerge victorieux de son combat contre David. Alors que le groupe embarque à bord d'une plateforme volante, le Xénomorphe les rattrape et menace de faire s'écraser l'appareil. Daniels engage un combat dans les airs avec le monstre, avant de le mettre définitivement hors d'état de nuire en le broyant avec la pince géante de la grue de bord.

Ayant regagné le Covenant, les survivants décident de quitter la planète et de mettre le cap sur leur destination initiale, Origae-6. Mais bientôt, un autre Xénomorphe s'extirpe du corps inconscient de Lope et tue les deux officiers de bord Ricks et Upworth pendant qu'ils s'ébattaient sous la douche. Guidés à distance par Walter, Daniels et Tennessee parviennent à attirer le monstre dans le hangar du vaisseau et réussissent à le tuer en le propulsant dans l'espace.

Débarrassés de l'extraterrestre, Walter aide Daniels et Tennessee, les deux derniers humains rescapés de l'équipage, à se mettre en hyper-sommeil. Au moment où elle retourne dans son caisson, Daniels lui demande s'il voudrait bien l'aider à construire la cabane qu'elle projetait de faire avec Branson une fois arrivés sur Origae-6. Devant l'incompréhension de l'androïde, elle réalise avec horreur qu'il n'est autre que David, qui tué Walter et usurpé l'identité de son jumeau en s'étant sectionné une main, mais elle est précipitamment plongée en hibernation avant d'avoir pu tenter quoi que ce soit. Ayant pris les commandes du vaisseau, David régurgite deux embryons de facehuggers qu'il conservait en lui, puis les range dans la chambre froide contenant les embryons humains et s'apprête à poursuivre ses expériences. Il émet un rapport radio annonçant que le Covenant a subi une violente éruption stellaire, qu'il n'y a plus que deux membres d'équipage survivants, que l'ensemble des colons sont sains et saufs et que le vaisseau continue vers sa destination programmée. Il masque ainsi tous les événements qui viennent d'avoir lieu et ses sombres intentions.

En 2122, le cargo spatial Nostromo, de retour vers la Terre avec son chargement de minerai, capte un signal sonore émis depuis un planétoïde isolé. L'ordinateur de bord du vaisseau — appelé « Maman »  — interrompt alors le trajet du Nostromo et réveille l'équipage maintenu en biostase (sommeil artificiel).

Surpris de ne pas être arrivés à destination, les sept membres d'équipage prennent connaissance de l’émission du signal, leur contrat stipulant qu'ils sont tenus d'enquêter sur toute possibilité de vie extraterrestre. Ils séparent alors à contrecœur la navette du vaisseau pour se diriger vers le planétoïde. Cependant, l’atterrissage est rendu difficile par le relief et provoque des avaries.

Pendant que le lieutenant Ellen Ripley accompagné de l'officier scientifique Ash (en), l'ingénieur Parker et le technicien Brett restent à bord de la navette pour effectuer les réparations, le capitaine Dallas, l'officier en second Kane et la navigatrice Lambert s'aventurent en scaphandre sur la planète et se rendent vers la source du signal.

Arrivée sur place, l'équipe de recherche découvre l'épave d'un vaisseau spatial extraterrestre, à l'intérieur duquel repose le cadavre fossilisé d'une créature d'environ quatre mètres de haut. En l'examinant, ils remarquent que des os de son thorax sont éclatés vers l’extérieur.

Dans le même temps, à bord de la navette, Ripley informe Ash qu'après analyse par l'ordinateur du vaisseau, le signal qu'ils ont reçu initialement semble être un avertissement et non un message de détresse. Ripley voulant en informer l’équipe d'exploration, Ash l'en dissuade, rétorquant qu'ils sauront par eux-mêmes si c'est effectivement un avertissement.

Sur place, Kane trouve un passage menant à l’étage inférieur du vaisseau. Il y descend le long d'un filin et découvre un vaste espace où se trouvent regroupés ce qui s'avère être une centaine d'œufs. Alors qu'il s'approche de l'un d'eux, l’œuf s'ouvre et une créature arachnoïde (face-hugger) en sort brutalement et s'agrippe au casque de sa combinaison spatiale, faisant fondre la visière pour recouvrir son visage. Le capitaine Dallas et Lambert parviennent à ramener leur compagnon inconscient au sas de la navette, mais Ripley refuse de l'ouvrir, afin de maintenir une quarantaine de 24 heures conformément au règlement. Cependant, Ash finit par ouvrir le sas de sa propre initiative.

Kane, toujours inconscient est emmené à l'infirmerie de la navette où Dallas et Ash s'ingénient à détacher la créature arachnoïde de son visage. Ils tentent de découper l'une de ses pattes mais de l'acide en jaillit, trouant aussitôt une partie du plancher ainsi que dans les deux ponts inférieurs de la navette. De peur de tuer Kane, mais aussi d'endommager plus encore la coque du vaisseau, Ash décide d'attendre les consignes de « Maman ». Mais, fasciné, il commence à étudier la créature — apparemment morte sans raison apparente quelques heures plus tard — qui s'est détachée d'elle-même du visage de Kane.

La navette réparée, l'équipage redécolle et s'arrime au Nostromo resté en orbite. Kane, à la surprise générale, se réveille quelque temps plus tard, groggy mais apparemment en bonne santé. Soulagé, l'équipage décide de prendre un dernier repas tous ensemble avant de continuer leur voyage en biostase. Mais, à peine ont-ils commencé à manger que Kane est pris de violentes convulsions. L’équipe tente de le maintenir sur la table mais soudainement une créature vermiforme émerge de son corps en lui perforant le thorax. L’équipage, tétanisé, laisse la créature s'enfuir.

Après avoir éjecté le corps de Kane dans l'espace, l'équipage du Nostromo s'emploie à retrouver l'Alien, s'équipant de détecteurs de mouvement et d'aiguillons électriques. En raison de la taille du vaisseau, l'équipage décide de se séparer en deux équipes.

Durant leur recherche, Brett, Parker et Ripley détectent des mouvements, mais ceux-ci se révèlent être ceux de Jones, le chat de l'équipage. Brett part à sa recherche et, quand il le retrouve, est attaqué par l'Alien qui, après avoir vraisemblablement mué, a atteint une taille de plus de deux mètres. Lorsque Parker et Ripley accourent, la créature s'échappe par une bouche d'aération, emportant le corps de Brett.

Le capitaine Dallas décide ensuite de parcourir méthodiquement les gaines d'aération pour repousser l'Alien vers un sas et l'éjecter dans l'espace. Sur le conseil d'Ash, il s'équipe d'un lance-flamme bricolé, car la plupart des animaux fuient devant le feu, lui dit-il. Mais Dallas ne peut rien contre la rapidité de l'Alien et se fait tuer à son tour. L'officier Lambert, paniquée, insiste alors pour abandonner le vaisseau et s'échapper à bord de la petite navette de secours, mais celle-ci ne peut transporter que trois personnes.

En consultant l'ordinateur de bord pour trouver une solution, Ripley apprend qu'Ash a reçu secrètement un ordre prioritaire de la compagnie qui les emploie : ils doivent ramener la créature sur Terre pour analyse, toute autre considération est secondaire, y compris la survie de l'équipage. Mais Ash la surprend dans la salle de l’ordinateur et l'attaque. Au moment où il tente de l'étouffer, Parker et Lambert arrivent et, dans la mêlée qui suit, parviennent à neutraliser Ash, qui se révèle être un androïde qu'ils mettent en pièces. Espérant lui soutirer des informations, Ripley décide de le rebrancher. Ash leur avoue alors son admiration pour la créature puis leur explique qu'ils n'ont aucune chance, mais tient néanmoins à leur témoigner sa sympathie... De rage, Ripley le débranche et Parker carbonise ce qui reste de son corps.

À la suite de la mort des officiers Kane et Dallas, Ripley devient de fait le capitaine du vaisseau. Elle décide alors de s'enfuir avec ses camarades rescapés grâce à la navette de secours et de faire exploser le Nostromo. Tandis qu'elle prépare la navette, Parker et Lambert vont chercher des bonbonnes de fréon, nécessaires à leur biostase. Ripley se rappelle soudain qu'ils ont oublié le chat Jones. Elle le retrouve dans la cabine de pilotage du vaisseau et l'enferme dans une cage. Entendant Parker et Lambert crier, Ripley court leur porter secours mais, en arrivant sur place, ne peut que constater le massacre de ses deux compagnons.

Désormais la seule survivante de l'équipage, Ripley active le complexe système d'autodestruction du vaisseau et se dirige vers la navette avec Jones. Mais, en chemin, elle voit l'Alien au loin lui barrer le passage ; elle est alors obligée de battre en retraite, lâchant la cage de Jones. L'Alien remarque le chat mais l'épargne curieusement. L'explosion du vaisseau étant imminente, Ripley retourne désactiver le système d'autodestruction, mais échoue. Se ruant à nouveau vers la navette, elle découvre cette fois-ci le passage libre. Attrapant la cage de Jones, elle entre et met en marche les réacteurs de la navette avant de s'éloigner du Nostromo, quelques secondes avant son explosion.

Apparemment sauvée, Ripley place Jones dans une couchette et se déshabille pour se préparer à la biostase. Elle découvre alors avec effroi que l'Alien l'a suivie dans la navette, dissimulé dans un renfoncement. Affolée, Ripley se cache mais la créature semble étrangement passive, comme endormie. Ripley se ressaisit et enfile discrètement une combinaison spatiale, avant de s'armer d'un pistolet lance-grappin et de s'attacher à un siège. Puis, elle force l'Alien à sortir de sa cachette en déclenchant un jet de gaz.

Au moment où il s'apprête à l'attaquer, Ripley ouvre le sas de la navette. La décompression causée par le vide de l'espace expulse l'Alien en dehors de la navette, mais celui-ci parvient à s'agripper au cadre du sas. Ripley lui tire alors dessus avec le lance-grappin ; l'Alien lâche prise mais la porte du sas se referme et coince le câble du lance-grappin. Retenu par le câble, l'Alien se glisse vers une des tuyères de la navette. Ripley actionne alors les moteurs de la navette, ce qui éjecte définitivement l'Alien dans le vide spatial.

Enfin saine et sauve, Ripley enregistre un dernier message vocal sur le journal de bord, expliquant la destruction du Nostromo et la perte de l'équipage, puis entre en biostase avec Jones pour le voyage retour vers la Terre.

En 2137, quinze ans après la disparition du Nostromo, Amanda Ripley, fille d’Ellen Ripley, est approchée par Christopher Samuels, un synthétique de Weyland-Yutani, qui l’informe de la récente localisation de la boîte noire du Nostromo. La boîte noire, localisée par le vaisseau Anesidora, se trouve à bord de la station Sébastopol, un lointain port spatial appartenant à Seegson Corporation en orbite autour de la géante gazeuse KG348. Samuels offre à Amanda une place dans l’équipe de la Weyland-Yutani envoyée pour récupérer la boîte noire, afin qu’elle puisse tourner la page concernant le sort de sa mère disparue. Ripley, Samuels et Nina Taylor, l’employée du service juridique de la Weyland-Yutani, partent pour Sébastopol à bord du vaisseau Torrens appartenant au capitaine Diane Verlaine. Le groupe arrive à Sébastopol et trouve la station endommagée et ses communications non opérationnelles. Ripley, Samuels et Taylor tentent une sortie dans l’espace pour enquêter mais leur câble est coupé par les débris d’une explosion et Ripley est séparée du groupe et forcée d’entrer seule dans la station.

Ripley, essayant de trouver un moyen de contacter le Torrens, découvre que la partie civile de la station a sombré dans le chaos. Seegson a essayé de liquider Sébastopol depuis des années et a réduit l’équipage de la station au strict minimum. Ce petit groupe de pillards effrayés et paranoïaques est en quête des réserves de ressources raréfiées, et élimine les non-membres du groupe à vue. Ripley est confrontée à un homme nommé Axel mais le convainc de l’aider en échange d’une place à bord du Torrens. Ce dernier explique que la situation actuelle est due à un « tueur » à bord de la station. Axel aide Ripley, mais ledit monstre – l’Alien – apparaît et le tue. Ripley trouve finalement la boîte noire du Nostromo, mais à son grand désarroi, découvre qu’elle ne contient aucune donnée. Ripley essaye ensuite de contacter le Torrens via le centre de communications de Sébastopol. Cependant, elle découvre bientôt que la main-d’œuvre robotique de la station est devenue hostile, tuant quiconque essaye d’envoyer un appel de détresse. Elle découvre que les communications vers l'extérieur sont coupées et que seules les communications internes sont actives. C'est par ce biais que Ripley arrive à contacter Samuels et Taylor. Elle apprend que cette dernière a été blessée et se met en quête de récupérer du matériel au centre médical de la station pour la soigner.

Ripley atteint le centre médical et est assistée par le Dr Kuhlman (qui est plus tard tué par l’Alien), avant de se frayer un passage vers le dispensaire. Ayant récupéré le matériel médical, elle rejoint Samuels et Taylor, qui sont maintenant sous la garde du marshall de la station, Waits, et de son adjoint, Ricardo. Waits explique que l’Alien a été amené à bord de la station par Henry Marlow, capitaine de l’Anesidora qui est maintenant sous la surveillance de Waits. Ripley parle avec Marlow et apprend que l’équipage de l’Anesidora a découvert la boîte noire près du planétoïde LV-426, où ils ont aussi découvert un vaisseau abandonné précédemment découvert par l’équipage du Nostromo, et le nid d’œufs des xénomorphes contenu à l’intérieur. La femme de Marlow a été attaquée par un facehugger, et cherchant de l’aide, Marlow l’a amenée à bord de Sébastopol pour des soins. L’Alien qui a éclos en elle est celui terrorisant la station. Waits convainc Ripley de l’aider à contenir l’Alien en l’appâtant dans une section retirée de la station et en l’enfermant à l’intérieur. Ripley réussit, mais Waits omet de mentionner qu’il planifiait d’utiliser Ripley comme appât et d’éjecter le module alors qu’elle est encore à l’intérieur. Alors que le module fonce dans l’espace, Ripley arrive à trouver une combinaison spatiale, à s’éjecter du sas et fait un saut dans l’espace jusqu’à Sébastopol. L’Alien est laissé derrière dans le module expulsé et tous deux sont aspirés dans le puits de gravité de KG348.

Débarrassés de l’Alien, la situation à bord de la station redevient sous contrôle jusqu’à ce que les androïdes de la station commencent brusquement à massacrer l’équipage restant. Les victimes incluent Waits et ses hommes, bien que Ricardo survive. Ripley essaye de trouver Samuels et découvre qu’il est en train de tenter de se connecter à l’intelligence artificielle contrôlant la station, APOLLO, afin d’arrêter le massacre. Après que Samuels tente d’empêcher APOLLO d’éliminer d’autres survivants, les contremesures défensives d’APOLLO désactivent Samuels, mais pas avant que celui-ci arrive à ouvrir un chemin pour Ripley vers le noyau de contrôle d’APOLLO. En atteignant APOLLO, Ripley découvre que Seegson a finalement trouvé un acheteur pour Sébastopol : la Weyland-Yutani, qui lui a donné l’ordre de protéger l’Alien au mépris de toute victime humaine. Quand Ripley dit à APOLLO que l’Alien n’est plus à bord de Sébastopol et demande de cesser toute activité, APOLLO refuse et reporte son attention vers le réacteur de la station. Déterminée à découvrir ce qui se passe, Ripley chemine jusqu’à la base du réacteur, qui a été convertie en nid contenant des centaines d’Aliens. Ripley s'attache à amorcer une purge du réacteur qui détruirait à la fois les Aliens et le nid, mais c’est un échec puisque plusieurs Aliens s’échappent et commencent à infester Sébastopol.

Ricardo apprend à Ripley que la purge du réacteur a réinitialisé tous les systèmes de Sébastopol, y compris les communications. Ripley apprend aussi que Taylor a été envoyée par Weyland-Yutani pour récupérer l’Alien et qu’elle a libéré Marlow en échange de la localisation de LV-426. Cependant, Marlow la double et la prend en otage à bord de l’Anesidora. Ripley et Ricardo les poursuivent dans l’espoir d’utiliser le vaisseau pour s’échapper. En explorant l’Anesidora, Ripley découvre un message additionnel de sa mère après son rapport initial des évènements sur le Nostromo, lui permettant enfin de savoir ce qui s’est passé. Peu après avoir entendu le message, Marlow apparaît avec Taylor et dit à Ripley qu’il compte surcharger le réacteur à fusion de l’Anesidora et détruire la station, s’assurant ainsi que les Aliens ne survivent pas. Taylor assomme Marlow pendant qu’il déblatère face à Ripley et les deux femmes essayent ensemble d’empêcher l’explosion. Elles réussissent, mais il était trop tard. Marlow s’était assuré que le réacteur du vaisseau exploserait. Taylor est ensuite tuée par une décharge électrique et Ripley est forcée de s’échapper de l’Anesidora sans elle.

Après être revenue sur Sébastopol, Ricardo dit à Ripley que l’explosion du vaisseau a détruit le réseau de stabilisateurs orbitaux de la station, ce qui a pour conséquence de la faire lentement dériver vers l’atmosphère de KG348. Ripley et Ricardo réussissent à contacter le Torrens pour évacuer, cependant, Ricardo est attaqué par un facehugger et Ripley est forcée de l’abandonner. Après avoir laissé le vaisseau s’arrimer, Ripley se prépare à faire un saut dans l’espace jusqu’au Torrens, mais elle est attaquée par un Alien et emmenée dans un autre nid, dont elle s’échappe. Elle se fraye ensuite un chemin à l’extérieur pour aider le Torrens à se désarrimer de la station via une explosion contrôlée. Mais elle est bientôt entourée d’Aliens et est ensuite propulsée dans le vaisseau par le souffle de l’explosion. Sébastopol commence ensuite à plonger vers KG348 et explose dans son atmosphère. À bord du Torrens, Ripley contacte Verlaine et lui dit avoir réussi à monter à bord mais ne reçoit aucune réponse. Ripley se dirige vers le pont pour trouver Verlaine mais se retrouve face à un autre Alien. Encore dans sa combinaison spatiale, Ripley est acculée au sas et est obligée de l’ouvrir, s’expulsant en même temps que l’Alien dans l’espace.

La scène finale du jeu montre Ripley, à la dérive et inconsciente dans sa combinaison spatiale, soudainement réveillée par un projecteur qui éclaire son visage.

En 2159, DSMO Marion est en orbite au-dessus de LV-178 tandis que ses équipages extraient de la trimonite sous la surface de la planète. Deux jours après que Marion ait perdu le contact avec le complexe minier, les navettes de transport du navire, Samson et Delilah, décollent de la planète et se dirigent vers Marion à toute vitesse ; le contact avec leurs équipages révèle des créatures extraterrestres qui massacrent les occupants des navettes. Le Delilah s'enfonce dans le Marion, endommageant gravement le navire et tuant son capitaine et son agent de sécurité. Samson accoste avec succès, mais les survivants à bord du Marion, maintenant dirigé par l'ingénieur en chef Chris "Hoop" Hooper, le scelle pour contenir les quatre extraterrestres à bord. L'impact a fait sortir Marion de son orbite, ce qui signifie que le vaisseau brûlera bientôt lorsqu'il touchera l'atmosphère du LV-178. Pire encore, l'antenne longue portée a été détruite, obligeant les survivants à émettre un appel de détresse localisé.

La transmission de Marion est détectée par le Narcissus, la navette de secours utilisée par Ellen Ripley pour fuir la destruction du Nostromo trente-sept ans auparavant. À l'insu de Ripley, la navette est sous le contrôle de Ash, qui, avant sa destruction sur le Nostromo , a téléchargé sa conscience IA sur les systèmes de la navette. Apprentissage des extraterrestres sur le Marion, Ash redirige la navette vers le rendez-vous avec le vaisseau minier, cherchant toujours à exécuter l'ordre spécial 937 et à récupérer l'une des créatures. À son arrivée, Ripley se rend rapidement compte qu'elle dérive depuis trois décennies et demie, que Ash est toujours avec elle et qu'elle s'est réveillée au milieu d'un autre scénario mettant sa vie en danger impliquant les extraterrestres.

Alors que le temps presse avant que le Marion n'entre dans l'atmosphère du LV-178, les survivants élaborent un plan désespéré - fuir dans le Narcisse, en utilisant à tour de rôle l'unique nacelle de stase de la navette pendant six mois d'affilée, dans l'espoir d'atteindre l'espace habité avant. ils meurent de vieillesse. Cependant, ils doivent remplacer la pile à combustible usée de la navette, et les seules disponibles sont stockées dans la mine sur LV-178. Pire encore, le seul vaisseau capable de les y emmener est le Samson, toujours amarré et plombé avec quatre Aliens à son bord. Sans alternative, l'équipage ouvre le Samson et affronte les extraterrestres à l'aide d'outils miniers. Les ingénieurs Welford et Powell sont tués, ainsi que le médecin Garcia, tandis que l'un des extraterrestres survit et s'échappe sur leMarion.

Laissant l'Alien à bord du Marion, les survivants restants - Hoop, Ripley, Sneddon, Baxter, Kasyanov et Lachance - volent en dessous vers le LV-178 dans le Samson et entrent dans la mine. Alors qu'ils descendent dans le complexe, Ash - ayant maintenant infecté les ordinateurs de Marion - sabote l'ascenseur et les envoie plonger au niveau le plus bas de la mine, où les extraterrestres ont été découverts. L'ascenseur est détruit au-delà de toute réparation et les survivants sont obligés de traverser le complexe pour atteindre un deuxième ascenseur de l'autre côté. Ils tombent bientôt sur une ruche extraterrestre, ainsi qu'un énorme vaisseau spatial abandonné enfoui sous terre. Avec les extraterrestres qui les poursuivent, ils n'ont d'autre choix que de se diriger à l'intérieur du navire.

Les survivants découvrent bientôt qu'ils ont été parqués à l'intérieur parce que le navire est plein d'œufs extraterrestres, qui étaient apparemment nourris par les créateurs morts depuis longtemps du navire, une mystérieuse race d'extraterrestres ressemblant à des chiens. Les survivants repoussent désespérément de multiples attaques extraterrestres et les assauts répétés commencent à faire des ravages - Baxter se casse une cheville, Sneddon est maîtrisé par un Facehugger, Kasyanov est aspergé d' acide et perd l'usage d'un bras, et Ripley est grièvement blessé. Malgré leurs blessures, les survivants s'échappent du navire et atteignent le deuxième ascenseur, bien que Baxter soit coupé en deux lorsqu'un extraterrestre le tire partiellement hors de la cage alors qu'il monte. Les survivants récupèrent enfin une pile à combustible de remplacement, en mettant une seconde pour surcharger et détruire la mine avant de retourner à Marion. Une fois à bord, ils assistent à l'explosion à la surface de la planète.

Alors que le groupe se dirige vers la baie médicale, ils sont attaqués par l'Alien restant et Lachance est tué. Un Sneddon ressuscité poursuit la créature, la coinçant finalement dans une prise où elle se fait exploser alors que le Chestburster en elle commence à éclore, tuant également l'Alien adulte. Alors que le temps presse avant que Marion ne se sépare, Hoop et Kasyanov placent Ripley dans la nacelle médicale du navire pour soigner ses blessures. Tourmentée par des cauchemars récurrents de sa fille Amanda attaquée par les extraterrestres, Ripley supplie également de faire effacer ses souvenirs des événements récents, et Hoop s'exécute à contrecœur. Kasyanov entre également dans le module médical pour soigner ses propres blessures, mais Ash prend le relais et demande à la machine de la tuer.

Hoop transporte une Ripley inconsciente vers le Narcisse et la met en stase avec Jones, qui était resté enfermé en toute sécurité à bord de la navette tout le long. Hoop efface ensuite Ash de l'ordinateur de la navette avec un puissant programme antivirus, le détruisant finalement, mais découvre que l'IA voyou, dans un dernier acte de défi, a saboté la libération automatique de l'amarrage de la navette. Sans alternative, Hoop fait ses adieux à Ripley et revient sur Marion pour lancer la navette. Il la regarde en larmes partir, sachant qu'elle ne se souviendra même pas de lui quand elle se réveillera. En attendant la désintégration du Marion, Hoop va chercher tout ce qu'il peut et monte à bord du Samson. Regarder la Marionse briser dans l'atmosphère de LV-178, regardant le complexe minier anéanti, Hoop se sert une bouteille de bourbon et enregistre un appel de détresse, se déclarant le dernier survivant du Marion.

Le lieutenant Ellen Ripley, unique survivante du cargo spatial Nostromo après la destruction de celui-ci, dérive dans l'espace à bord d'une navette de sauvetage, endormie en biostase (sommeil artificiel). Sa navette est retrouvée en 2179, soit cinquante-sept ans après les événements racontés dans le premier film. La navette ayant été rapatriée sur la station spatiale Gateway, en orbite autour de la Terre, Ripley est admise à l'unité médicale de la station, où elle se remet lentement de sa biostase. Elle souffre de violents cauchemars, où elle voit un Alien sortir de son corps.

Après sa convalescence, Ripley est convoquée par son ancien employeur, la compagnie Weyland-Yutani qui lui demande de justifier la perte de l'équipage et du vaisseau Nostromo dont elle avait la charge. Lors de la réunion, celle-ci décrit la lutte qu'elle a dû mener avec ses camarades contre une créature extraterrestre inconnue. Cependant, son récit est mis en doute par la compagnie ; en effet, la planète LV-426 sur laquelle l'équipage du Nostromo est entré en contact avec un Alien, a été colonisée à cette date depuis vingt ans, sans que personne n'ait remarqué la moindre présence d'un organisme hostile. À l'issue de la réunion, Ripley est sanctionnée pour la perte du Nostromo et de sa coûteuse cargaison, la compagnie décidant malgré tout de ne pas l'attaquer en justice à condition qu'elle se soumette volontairement à des examens psychiatriques tous les six mois. De plus, elle voit sa licence de vol suspendue pour une durée indéterminée. Sans emploi, Ripley se retrouve alors contrainte à trouver un poste de seconde zone, en tant que manutentionnaire sur les docks spatiaux, pour vivre. Elle apprend également que sa fille Amanda, âgée de 11 ans au moment du premier film, est décédée d'un cancer deux ans avant son retour.

Quelque temps après, Ripley est contactée par Carter Burke, l'avocat de la compagnie, accompagné du lieutenant Gorman des Marines coloniaux. Il s'avère que la liaison avec LV-426 a été mystérieusement interrompue et la compagnie souhaite envoyer sur place une unité de Marines pour enquêter. Burke propose à Ripley de les accompagner en tant que consultante. Traumatisée par sa précédente expérience, celle-ci refuse tout d'abord, bien que Burke lui garantisse sa réintégration en tant que commandant de bord. Mais Ripley change cependant d'avis après un nouveau cauchemar et accepte de les accompagner lorsque Burke lui promet que les aliens, s'ils sont découverts sur cette planète, ne seront pas conservés pour étude mais détruits.

En route vers LV-426 à bord du Sulaco, le vaisseau spatial des Marines, Ripley fait la connaissance de l'équipe de sauvetage. Placés sous le commandement du lieutenant Gorman — qui s'avère être un officier assez inexpérimenté —, tous ces « gros bras » bravaches et vantards sont persuadés qu'il s'agit d'une simple mission de routine. À deux exceptions près : le placide caporal Hicks et l'androïde Bishop, ce dernier étant immédiatement pris en grippe par Ripley, Bishop lui rappelant avec amertume Ash (en), l'androïde du Nostromo qui avait tenté de la tuer. Lors du briefing, Ripley explique à l'équipe ce qu'elle sait de la créature, mais personne ne semble la prendre au sérieux.

Arrivée dans l’atmosphère de LV-426, l'équipe de sauvetage du Sulaco embarque à bord d'une navette de transport qui les amène vers la colonie du nom de Hadley's Hope. Débarquant en force dans la base, l'équipe découvre des traces de violents combats mais cependant ne retrouve aucun colon. Se rendant au laboratoire de la colonie, les soldats découvrent quatre tubes en verre contenant chacun un facehugger (le premier stade de l'Alien) ainsi qu'un rapport médical qui mentionne que deux de ces créatures sont encore en vie. C'est alors qu'un détecteur de mouvement des Marines capte un signal d'une créature s'approchant dans le couloir. Croyant avoir affaire à un xénomorphe, l'équipe découvre avec stupeur Newt, une fillette survivante qui se cachait seule dans une galerie de maintenance depuis plusieurs semaines. Ripley se prend immédiatement d'affection pour cette enfant traumatisée, mais Newt la met en garde : selon elle, même les militaires surarmés qui sont venus avec elle seront impuissants face à la menace qui les guette.

Poursuivant leur recherche, les soldats localisent les colons grâce à leurs émetteurs personnels. Apparemment, ils sont tous regroupés au niveau du « processeur atmosphérique » du complexe, une installation gigantesque qui produit l'air respirable de la planète. Les Marines se rendent sur place à bord d'un transport de troupes blindé. Tandis que le lieutenant Gorman reste à l'intérieur du véhicule pour superviser l'opération par vidéo avec Ripley et Burke, les soldats s'introduisent dans un couloir dont la structure semble avoir été remodelée par des hôtes non humains. Tout à coup, Ripley et Burke comprennent que, si les balles explosives des fusils d'assaut perforaient le processeur atmosphérique de la colonie, une réaction thermonucléaire se déclencherait. Le lieutenant Gorman interdit alors aux soldats de se servir de leurs fusils et n'autorise que l'usage des lance-flammes.

S'enfonçant à pied au cœur du complexe, les soldats découvrent alors un environnement étrange, notamment des parois recouvertes de sécrétions organiques à l'aspect inquiétant.

Guidés par le signal des émetteurs, les soldats découvrent finalement les colons, apparemment tous morts et recouverts d'une sorte de « cocon » de la même matière qui orne les murs. En tentant de sauver une survivante, les Marines assistent avec horreur à l'éclosion d'un chestburster du corps de celle-ci, qu'ils tuent au lance-flammes. Mais bien vite, ils sont victimes de l'attaque de dizaines d’Aliens qui surgissent et leur tombent dessus par surprise : le soldat Frost est involontairement tué par le lance flamme de Dietrich au moment même où cette dernière est emportée par un Alien ; les soldats Crowe et Wierzbowski sont tués dans l'explosion du sac de munitions explosives tenu par Frost ; puis le sergent Apone est emporté à son tour. Seuls les tirs des mitrailleuses des soldats Vasquez et Drake — qui ont désobéi aux ordres de Gorman —, et le fusil à pompe du caporal Hicks, permettent de tenir les aliens à distance. Devant l'inefficacité de Gorman, rapidement dépassé par les événements, Ripley prend les commandes du véhicule blindé et fonce secourir les soldats encore en vie, enfonçant avec le véhicule la paroi d'un mur pour les faire sortir. Hicks, Hudson, Vasquez et Drake parviennent à rejoindre le blindé, mais Drake perd finalement la vie lorsqu’il est involontairement aspergé par le sang acide d'un Alien mitraillé par Vasquez. Lors de la fuite du véhicule, Gorman est victime d'un choc à la tête et perd connaissance.

Une fois hors de danger, l'équipe décide, malgré les protestations de Burke, de retourner au Sulaco afin de détruire le complexe en lançant depuis l'espace une charge nucléaire sur la colonie. Mais, alors que la navette de transport vient les chercher, un Alien qui s'est introduit dans l'aéronef tue le mécanicien Spunkmeyer, avant de s'en prendre au pilote Ferro ; l'engin, hors de contrôle s'écrase non loin du processeur atmosphérique en l’endommageant. Échappant de peu à l'explosion de l'aéronef, les survivants sont alors contraints de retourner se barricader dans le complexe, dans l'espoir de survivre jusqu’à l'arrivée d'une hypothétique équipe de secours (dans au minimum dix-sept jours, selon Hicks).

Gorman étant toujours inconscient, Hicks et Ripley prennent les choses en main. Ils commencent par raisonner Hudson, qui perd son sang froid face à la situation, et lui demandent de trouver tout ce qui peut les aider à se guider dans le complexe (plans, schémas, maquettes). Ils font l'inventaire des quelques armes récupérées dans la navette, Hicks informant l'équipe qu'il a récupéré quatre tourelles-canon fort utiles pour leur défense, mais aussi qu'ils n'ont que peu de munitions.

Consolidant des barricades déjà mises en place par les colons, ils installent les quatre tourelles automatiques dans deux couloirs, pour interdire l'accès de leur refuge aux xénomorphes. Pendant ce temps, l’androïde Bishop, ayant analysé les facehuggers capturés par les colons, en déduit qu'une autre créature — probablement une reine — en est à l'origine. Ripley lui demande ensuite de détruire les spécimens mais Burke s'y oppose, car ces créatures ont selon lui une énorme valeur pour la recherche en bio-armement. Ripley découvre par la suite que c'est Burke qui est le responsable de l'infestation de la colonie, après avoir autorisé l'exploration du vaisseau extraterrestre qui contenait les œufs Aliens. Peu après, les deux canons du premier couloir sont attaqués par les Aliens ; arrivant rapidement à court de munitions, ils sont submergés par le nombre.

Cependant, une autre menace plane sur les survivants : le réacteur nucléaire du processeur atmosphérique, devenu instable à la suite du crash de la navette, menace d'exploser dans les prochaines heures. Bien que conscient du danger, Bishop se porte volontaire pour aller jusqu'à l'émetteur radio de la base, afin de radiocommander la seconde navette de transport du Sulaco jusqu'au complexe. C'est alors que les deux autres canons automatiques arrivent eux aussi à court de munitions après un bref engagement, mais parviennent à arrêter le déferlement des Aliens, qui abandonnent pour un temps leur assaut.

S'étant reposées quelques heures dans la cellule médicale du laboratoire, Ripley et Newt sont soudainement réveillées par l'apparition de deux facehuggers qui se jettent sur elles. Luttant contre les créatures, les deux femmes sont sauvées par l'arrivée in-extremis de Hicks, Hudson, Vasquez et Gorman, remis de sa blessure. Il s'avère que les créatures ont été lâchées dans la salle par Burke, celui-ci souhaitant ramener clandestinement des spécimens Aliens sur Terre en contournant l'astro-quarantaine, et donc choisissant de laisser infecter Ripley et Newt par les facehuggers.

S'apprêtant à tuer Burke, les militaires sont soudainement interrompus par une coupure de courant provoquée par les Aliens. Repliés dans la salle des opérations, ils sont alors attaqués par une masse d'Aliens qui se sont faufilés en passant par les faux plafonds. Pendant que les Marines luttent pour leur survie, Burke profite de la confusion pour s'échapper, bloquant la seule retraite aux membres de l'équipe. Mais il est finalement retrouvé par un Alien et tué. Perdant Hudson dans la bataille, les survivants se replient dans les tunnels de ventilation, guidé par Newt et couverts par les tirs de Vasquez. Mais celle-ci se retrouve bientôt à court de munitions et utilise en dernier recours son pistolet semi-automatique, puis est blessée aux jambes par le jet d'acide d'un Alien. Elle est secourue par Gorman, armé lui aussi d'un simple pistolet. Arrivant à court de munitions, les deux Marines n'ont d'autre choix que de se faire exploser à la grenade, alors que les Aliens les encerclent. Le souffle de l'explosion provoque une secousse qui fait tomber Newt au travers d'une gaine de ventilation, jusque dans les bas-fonds de la base. Ripley et Hicks partent à sa recherche mais, alors qu'ils tentent de la récupérer à travers une grille, la fillette disparaît, capturée par un Alien.

Peu après, Hicks, blessé par l'acide d'un Alien, est ramené par Ripley jusqu'à la navette de transport que Bishop a réussi à faire atterrir près de la station, celle-ci commençant à devenir instable et menaçant d'exploser. Alors qu'il lui reste moins de 30 minutes avant l'explosion du processeur atmosphérique, Ripley décide malgré tout de retourner seule dans la base et, lourdement armée (fusil à impulsion et lance-flammes), de tenter de sauver Newt qu'elle pense être encore en vie.

Arrivant au cœur du nid des Aliens, Ripley retrouve la fillette enfermée dans un cocon et entourée d’œufs de facehuggers prêts à éclore. Mais elle se retrouve également en présence de la reine Alien, une créature gigantesque qui pond les œufs en continu tout autour. Cherchant une issue, Ripley menace la reine de détruire ses œufs avec son lance-flammes, avant de finalement se déchaîner contre eux quand des facehuggers commençant à éclore.

S’enfuyant avec Newt accrochée à elle, Ripley est poursuivie par la reine Alien qui se détache de son imposant tube ovipositeur et qui rameute ses serviteurs. Luttant contre les Aliens tout le long du chemin, Ripley et Newt parviennent finalement à rejoindre, juste à temps, la navette de transport qui décolle peu après, alors que le réacteur est en train de s’écrouler tout autour d'eux. Ils échappent de peu à l'explosion nucléaire du processeur atmosphérique qui vaporise la colonie dans une immense boule de feu. Bishop les ramène ensuite sains et saufs à bord du Sulaco. Ripley félicite Bishop pour le travail que celui-ci a accompli.

Alors que tout semble s'être bien terminé pour les rescapés, ceux-ci ignorent qu'ils ont été accompagnés en secret par la reine Alien, qui s’est furtivement accrochée à la navette lors de son décollage. Apparaissant par surprise, elle attaque Bishop et le coupe en deux après l'avoir embroché avec la lame de sa queue. Ripley, qui s'était enfuie, revient peu après équipée d'un robot de manutention, un exosquelette motorisé nommé Power Loader, et combat la créature qui tentait de s'emparer de Newt. Après une lutte acharnée, Ripley parvient à se débarrasser de la reine en l'éjectant dans le vide spatial quand elle réussit à ouvrir un des sas du Sulaco.

Par la suite, elle place Hicks et Bishop, gravement blessés, en biostase dans des capsules de sommeil individuelles avant de s'installer avec Newt dans une autre capsule, entrant en hyper-sommeil pour le voyage retour vers la Terre.

Cependant, à la fin du générique du film, on entend un bruit ressemblant à celui de l'éclosion d'un œuf, ce qui laisse supposer au spectateur qu'un œuf Alien serait à bord du Sulaco.

2179. Ellen Ripley et ses compagnons rescapés (la jeune Newt, le caporal Hicks et l'androïde Bishop) dorment en biostase à bord du vaisseau spatial USS Sulaco, qui retourne vers la Terre après les évènements sur LV-426. Mais un facehugger est présent à bord et brise l'une des capsules de stase où ils dorment, et son sang acide provoque un incendie. L’ordinateur de bord du Sulaco éjecte alors les cryotubes des quatre passagers dans une unité de sauvetage EEV. La capsule s'écrase peu après sur Fiorina « Fury » 161, une planète-prison où se trouve une colonie minière pénitentiaire.

La capsule est récupérée par les membres de la colonie mais seule Ripley a survécu au crash. Examinée par un médecin, le docteur Clemens, celui-ci pense qu'elle pourra s'en sortir. Le superviseur de la prison, Andrews et son adjoint Aaron expliquent ensuite la situation aux prisonniers, leur assurant que la survivante, pour lesquels elle constitue une tentation, sera prochainement évacuée. Peu de temps après, Ripley est réveillée par Clemens qui lui apprend la mort de ses compagnons. Ripley souhaite voir les restes de la capsule EEV et une fois sur place, observe une marque d'acide sur le cryotube de Newt. Elle demande alors à Clemens de pratiquer une autopsie sur le cadavre de la fillette, en prétextant un risque de choléra. Clemens, d'abord suspicieux, accepte cependant mais l'autopsie ne donne rien. À la demande de Ripley, les corps de Newt et Hicks sont incinérés dans le haut-fourneau de la fonderie. Au même moment, le chien d'un des prisonniers présent lors de la récupération de l'EEV, est pris de convulsions avant qu'un xénomorphe ne jaillisse de son corps.

Jusqu'à son évacuation, Ripley est contrainte de cohabiter avec les détenus. Dillon, leur chef et « mentor » autoproclamé, lui explique qu'ils peuvent pour le moment tolérer sa présence. Ripley discute ensuite avec Clemens, qui lui raconte l'historique de la station. « Fury » 161, la planète où elle a échoué, est l'hôte d'un ancien pénitencier minier qui abritait autrefois 5 000 détenus, chiffre désormais réduit à 25 hommes. Ces derniers, devenus les « gardiens des lieux », entretiennent désormais le haut-fourneau de l’installation. À la fermeture de la fonderie, les derniers détenus ont décidé de rester et se sont créés une nouvelle religion. Cependant, Clemens élude toutes les questions concernant son propre passé, Ripley faisant de même. Ils deviennent finalement intimes.

Le lendemain, un détenu est tué dans une bouche d'aération. Arrivé sur place, Clemens est intrigué par une marque d'acide, similaire à celle trouvée dans la navette EEV. Il partage cette information avec Ripley, qui décide de reconnecter ce qui reste de l’androïde Bishop dont le corps avait été jeté aux ordures. Après avoir réchappé d'une agression de plusieurs détenus grâce à l'intervention de Dillon, Ripley active Bishop. Elle lui demande d'analyser l'enregistreur de vol de l'EEV et l’androïde lui confirme qu'un incendie est à l'origine de l'éjection du EEV du Sulaco, mais également qu'un alien se trouvait à bord et que la compagnie Weyland-Yutani en a eu connaissance. Bishop, souffrant, demande ensuite à Ripley de le déconnecter. Dans l'intervalle, l'alien attaque un groupe de trois prisonniers isolés et en massacre deux. Le survivant, Golic, raconte alors ce qu'il a vu. Ripley confirme ses dires, finissant par dévoiler à Andrews et Aaron son histoire. Mais ces derniers refusent de la croire, Andrews lui rétorquant que de toute façon, la station ne possède pas d'armes. Il met ensuite Ripley en quarantaine à l'infirmerie en attendant l'arrivée de la navette censée la récupérer. Par la suite, Clemens finit par se livrer à Ripley : ancien médecin urgentiste sur Terre, il provoqua un jour la mort accidentelle de onze patients en se trompant dans le dosage des piqûres à la suite d'une longue garde ininterrompue. Emprisonné sur Fury 161 avec les autres détenus, il décida de rester avec eux, n'ayant nulle part où aller. Peu après et alors qu'il soigne une Ripley mystérieusement affaiblie, l'alien surgit et tue Clemens mais épargne étrangement Ripley en s'approchant de cette dernière. Courant prévenir les autres, Ripley rejoint les prisonniers réunis par Andrews mais ce dernier est brutalement emporté à son tour par la créature aux yeux de tous.

Sans armes pour se défendre dans une station délabrée, les survivants imaginent emprisonner l’alien en l'acculant dans un local destiné aux déchets nucléaires, le chassant à l'aide d'un produit hautement explosif (le quinitricéthylène). Mais alors que les prisonniers répandent le produit dans les couloirs, l'alien s'en prend à l'un d'entre eux qui finit par lâcher sa torche au sol, faisant s'enflammer le produit. Un ouragan de feu se déclenche alors et décime une dizaine de prisonniers, pris à leur propre piège. Ripley, qui ressent de plus en plus des douleurs suspectes, utilise le dispositif d'imagerie médicale de la capsule EEV. Aidée d'Aaron, elle découvre alors qu'elle est porteuse d'un embryon d'une reine alien, ce qui la condamne « de facto » à la mort. Ripley sollicite ensuite d'Aaron pour communiquer à la compagnie Weyland-Yutani que toute la planète est contaminée afin qu'ils ne puisse pas récupérer l'alien. Mais l'homme refuse car il est un père de famille et souhaite être rapatrié. Ripley décide alors d'aller trouver l'alien pour en finir, mais le monstre refuse encore une fois de la tuer. Ripley demande alors à Dillon de l'achever, mais ce dernier décide de rien n'en faire car il estime que Ripley reste leur dernière chance de salut ; il lui promet toutefois de la tuer une fois leur ennemi anéanti.

Les survivants se réunissent à la fonderie et Dillon déclare qu'il faut venger leurs camarades mais les autres ont peur et préfèrent attendre la navette de sauvetage comme le suggère Aaron. Ripley leur rétorque que pour la compagnie, leurs vies ne valent rien, et que seul l’alien compte. Dillon a dans l'idée d' attirer la bête dans le creuset de la fonderie afin de l'y noyer dans du plomb en fusion, en servant eux-mêmes d'appâts. Il souhaite que tous se « battent comme des hommes » plutôt que de subir les événements. Remotivés, les prisonniers acceptent finalement le plan suicidaire mais Aaron refuse de se joindre à eux. Débutent alors plusieurs courses-poursuites dans les couloirs de la fonderie afin d'amener l'alien jusqu'au creuset, ce qui entraîne la mort de la plupart des prisonniers. À l'issue de la manœuvre, seuls restent encore en vie le détenu Morse, Ripley et Dillon, qui finit lui-même par se sacrifier afin de retenir l'alien dans le creuset. Morse peut alors déclencher la coulée de plomb sur elle. Cependant, le monstre parvient à s’extraire de la matière en fusion et poursuit Ripley. Elle parvient toutefois à atteindre et ouvrir une vanne d'eau froide qui asperge l'alien l'exposant à un violent choc thermique qui le fait exploser.

Entre-temps, l'équipe de sauvetage de la compagnie a débarqué sur la planète et Aaron les mène à la fonderie. Les hommes armés sont menés par Michael Weyland, parfait sosie de l'androïde Bishop, en fait son créateur. L'homme tente de convaincre Ripley de se faire extraire son embryon par chirurgie mais elle refuse, méfiante de ses intentions et s'éloigne sur un portique roulant avec l'aide de Morse. Ce dernier est blessé par un garde et Aaron, resté jusque-là neutre, s'en prend physiquement à Weyland avant d'être abattu. Les supplications de Weyland n'y changeront rien : Ripley demande à Morse de l'amener au-dessus de la cuve en fusion du haut-fourneau et une fois en place, elle se sacrifie en se laissant tomber dans la cuve en fusion tout en retenant la reine alien naissante de son corps.

Peu après, la prison ferme ses portes et les hommes de la compagnie quittent la planète en emmenant Morse, le dernier prisonnier. De la capsule EEV se fait entendre l'enregistrement sonore du journal de bord de Ripley, enregistré 57 ans plus tôt à bord du Nostromo.

En 2379, 200 ans après le suicide d'Ellen Ripley (Sigourney Weaver) sur Fiorina-16, des scientifiques militaires parviennent à recréer un clone de Ripley (porteur de l'alien qu'elle avait en elle) à partir d'échantillons de sang collectés avant sa mort. Après que la reine alien a été extraite du ventre de Ripley et placée en captivité, le clone de Ripley est maintenu en vie sur le vaisseau spatial USM Auriga pour complément d'étude. Son ADN s'étant mélangé avec celui de l'alien pendant le processus de clonage, la « nouvelle » Ripley développe une force accrue et des réflexes surhumains, du sang acidifié et un lien empathique avec les aliens.

Peu de temps après, un groupe de pirates de l'espace s'amarre à l’Auriga avec leur vaisseau, le Betty, et débarque une cargaison d'êtres humains mis en stase. Cette manœuvre orchestrée par le général Perez, commandant de l'USM Auriga, a pour but de fournir de nouveaux hôtes pour les aliens, et bientôt, douze d'entre eux sont enfermés dans les cellules de l’Auriga, et soumis aux premières expérimentations destinées à les domestiquer. L'équipage du Betty est autorisé à demeurer quelque temps à bord du vaisseau, mais c'est sans compter avec la curiosité de Call (Winona Ryder), jeune recrue du Betty qui croise Ripley, la reconnaît, et tente de la tuer la nuit venue, croyant qu'elle porte toujours la reine alien. Sa prévenance est inutile car bientôt les aliens parviennent à s'échapper en faisant fondre leur cage, et sèment la mort à bord du vaisseau.

Livrés à eux-mêmes, les survivants du Betty accompagnés du Dr. Wren (J. E. Freeman), scientifique cruel responsable de la « résurrection » de Ripley, et d'un soldat nommé Distephano (Raymond Cruz) n'ont d'autres choix que de rejoindre le Betty pour espérer s'échapper.

Dans leur périple au cœur de l’Auriga, plusieurs membres du groupe sont tués par les aliens. À la suite de la trahison du Dr. Wren, Call est notamment atteinte d'une balle en pleine poitrine, mais réapparaît plus tard, révélant au passage sa nature d'androïde. Se souvenant des paroles de Wren qui leur avait expliqué que l’Auriga était programmé pour retourner sur Terre, Ripley demande à Call de reprogrammer le vaisseau pour qu'il s'y écrase. Parvenus au Betty, Wren prend à nouveau Call en otage, exigeant qu'elle annule la collision. Mais c'est alors que Larry Purvis (Leland Orser), l'un des « hôtes » enlevé par l'équipage du Betty voit son chestburster « éclore », et profite de sa force pour tuer Wren.

De son côté, Ripley, qui avait chuté quelques instants auparavant dans le nid des aliens, est amenée devant la reine et assiste à la naissance du « newborn », hybride humain/alien et hideux mélange des traits des deux espèces. Celui-ci ne naît désormais plus dans un œuf, mais via un utérus que Ripley a transmis à la reine grâce à son ADN. Le newborn reconnaît d'ailleurs Ripley comme sa mère et tue rapidement la reine alien.

Parvenant à rallier le Betty, Ripley est suivie par l'hybride, qui tue Distephano. Ripley utilise alors son propre sang pour creuser un trou dans un hublot, ce qui projette la créature dans le vide spatial. Le Betty parvient finalement à rentrer sur Terre, tandis que l’Auriga explose.